本作在系统上没多大变化，基本上算是对前作的补充和完善。颇具突破性的是本作的战斗画面不仅采用了1：1真实比例机体，还起用了时下最流行的动画渲染技术，原作中大魄力的镜头得以逼真还原，代入感倍增。每作战斗前的剧情游戏详情中都会加入动画中的熟悉场面和部分动画。本作中Seed爆发后，角色的防御、回避、命中、威力等各方面能力都会增加。

A:射击键(□)B：格斗键(△)C：Boost键(X)D:锁定键(○)

AB:射击键+格斗键，副武器

BC:格斗键+Boost键，特殊格斗，特格：

AC:射击键+Boost键，特殊射击，特射

BD:BoostDush的简称，指迅速输入Boost键两次，第二次按住，机体做长距离移动。

CS:Chargeshoot蓄力枪指按住射击键到能量蓄满后松开发射，部分机体还有格斗蓄力。

枪口校准：指枪口对准敌人的能力，通常是远距离，有较大准备动作的射击。枪口校准高，指准备动作中能一直跟踪锁定敌机，枪口校准低，指准备动作中不能精确的一直跟踪锁定敌机

飘射：指一些武器向射角范围外的敌机射击时，会有转身特殊动作同时自机短时间无法行动的现象，由于会产生自己无法移动的硬直，基本上要尽量避免。

麻痹：指一些攻击后对地方造成的全身貌似触电状的短时间不能行动，理论上机器人是不会麻痹的，不过这么说比较好理解。

以下是格斗攻击的简称：

N：地上通常格斗

SN：地上Step格斗

空N：空中通常格斗

空SN：空中Step格斗

前：前派生格斗

横：横（左或右派生格斗）

后：后格斗

BD格：BoostDush格斗

特：特殊格斗格

举个例子，NN前就是地上通常格斗两次，之后前派生格斗空SN后特就是空中Step格斗接后格斗再接特殊格斗。

KOH：KingofHeart的简称，红心之王，看过G高达的肯定知道什么意思。游戏中，如果一次攻击造成对方超过250以上的伤害，那么在最后过关清算的时候就能拿到一个红心之王的勋章。这里主要是强调某某招式或套路伤害较大。