游戏中首先出场的是男主角伊森·马尔斯，他与妻子和两个儿子生活在一起。一次去商场购物时，大儿子杰森与自己失散了。当伊森再次发现杰森已是在大街之上，一辆车迎面驶来，伊森扑上去保护儿子。杰森被撞死，伊森受了重伤，昏迷了六个月。两年后，伊森陷入深深的忧伤、恐惧人群，并常常突然发昏几小时。他与妻子分居了，与次子肖恩也渐渐疏远。一次在公园，伊森再度眩晕，清醒时肖恩已经不见了。

　　肖恩失踪后，人们想起了已犯下数宗案件的折纸杀人魔。他的犯罪方式通常是在一个多雨的秋天绑架一名男童，数天后男童的尸体便会在一处偏远位置被发现，死因是溺死，手上拿着一只折纸动物，胸前放一朵兰花。FBI探员诺曼·杰登受命来帮助调查这一系列案件，他断定受害者是被锁在一个密闭的所在，当积水超过6英尺时便会溺毙。他们认识到找到肖恩只有3天时间。

　　伊森为躲避媒体而住到了汽车旅馆。他按照一封神秘信件的提示找到一个寄存柜，找到了一个装有手机、手枪和5个折纸动物的鞋盒。手机传来声音说5个折纸代表5个考验，他必须达成以得到一系列地址作为奖励，从而拯救肖恩。一个考验比一个艰难，最初是在高速公路逆行、后来又是闯过废旧电厂里正在放电的电器、截断一截手指、杀掉一个人，最后则是喝掉一瓶毒药。在他尝试这些考验时遇到了麦迪逊·贝基，她帮他在身体上、情感上都渡过难关。贝基自己开始调查是谁安排了这些考验。

　　杰登与副队长卡特·布雷克调查了两个嫌犯，却毫无所获。伊森的前妻造访警局告知了伊森的失常，导致杰登与布雷克到伊森的心理医生那儿问话。布雷克相信伊森就是凶手，杰登却认为证据不足。

　　私家侦探史考特·谢尔比造访了多个受害人家属调查情况，获得了多个折纸杀手留下的物品。其中一位受害者的母亲罗伦·温特坚持要跟随他，以查处真凶。他们曾遭遇一位想要扮演折纸杀手的纨绔子弟，并与其父克拉玛爆发了若干冲突。