初音岛(D.C.)故事发生在这个整年都会不可思议地开着樱花而出名的新月型岛——初音岛。主人公朝仓纯一在岛上的风见学园上学，他拥有在睡觉时能看到别人梦境的奇异能力，还能使用由魔法使老奶奶所教授的能变出点心的小魔法。
这次，纯一又在梦里见到了童年时曾在一起的“妹妹”，可是却怎么想不起她的名字了……可惜，纯一的美梦很快被妹妹音梦的恶作剧给打断，可是，面对着这么可爱的妹妹纯一却气不起来。
在上学前，纯一却执意要帮妹妹量体温，其实纯一和音梦不是真正的兄妹关系，音梦很小的时候纯一的家人收养了她。纯一无微不至地照顾着音梦，给人的感觉她们好像是一对恋人。
早上起床到风见学园上学，遇到同样身为青梅竹马后辈“狗狗”天枷美春，以及学园偶像白河小鸟，还有在学校吃午餐时，不知为什么总是吃火锅的水越萌和水越真子姐妹……这都只是很平常的生活。
这一天，她们也是很平常的度过着。然而，年幼的时候突然搬到美国的芳乃樱出现了。纯一和音梦感到了很惊讶。樱说是来兑现小时候的约定。
《初音岛》的53年之后，粉红色的樱花绽放的小岛，无数的樱花在空中飞舞，终年不绝。整个岛都覆盖在粉红的花海里，时间是冬季。地面有厚厚的积雪，空中飘着纯白的雪花。这是一个吐出的气会变成白雾，让人不想从被窝里出来的季节。义之看着像在春天里盛开的樱花树，总感觉到有什么东西改变了，遥望着慢慢飘落的樱花，少年想着即将来临的春天，生活在樱花不会枯萎的平凡世界里的少年，拥有凭空变出点心，这既不平凡也不非凡的能力，在雪花和樱花混合着纷纷飘落的冬季学院里，他和她们邂逅的时候在一名小小的魔法师用最后的魔法乞援的时候，一个快乐又温馨的故事就要开始了。
