『命运冠位指定』的故事是由包括原作者奈绪蘑菇在内的Fate系列作家阵容为本游戏全新撰写的，超过100万字超大量主线剧情。全7章的主线剧情会将人类史上的7个时代作为故事的舞台。同时登场的所有从者都有个人剧情。玩家可从中欣赏身为御主的您与从者的故事，或是从者们之间的故事。掌握着各从者剧情关键的，是身为御主的您与从者之间的羁绊。

游戏的背景故事将继续“圣杯战争”展开，是“关于一个取回未来的物语”。官网里的宣传动画透露该作的故事将围绕在七个的不同时代和七个圣杯上，玩家将体验到前所未见的史上最大规模的圣杯大战在之前的作品中出现过的阿尔托莉雅、尼禄、贞德等知名角色都会在《Fate/GrandOrder》中再次出现。

秩序已经燃烧殆尽，数以万计的意义都已消失。但是，没有必要悲观。

无数的邂逅在等待著你。即使这个行星的一切，都成为了圣杯战争的战场；即使这片大地的一切，都已经化作失落的废墟；即使这段旅途的路上，有无数的强敌刻意阻挠，结局仍然，未落在任何人的手中。