《魔幻精灵3》的规则简单明快，玩家在游戏中扮演可召唤各种属性精灵与施行各种魔法的「唤魔使」，為了阻止在各地进行「星落」仪式试图让世界步入混吨状态的邪恶唤魔使。

然而当和平刚刚到来，黑暗中有人偷偷进行了“星落”的仪式，大和之都被破坏，第一代幕府将军也忽然暴死，统治腐败堕落，事态急转直下，变得难以收拾，百姓怨声载道，恍然一个“混沌的时代”。

就在这时，8位主人公——幻魔使横空出世，展开了一段“幻魔使之日本战记”。这8位幻魔使分别为神楽巫女、剑士、外国人、公主、忍者、破戒僧。每个人都是个性鲜明，更有阴阳师、传教士等穿插于整个故事的进行中。

必须从古老国度「和国」的东方延海一带出发，展开一段四处斩妖除魔的旅程，玩家所扮演的唤魔使将在各种地形与天候状态下，争取时间召唤地、水、火、天四种属性的精灵，并挑选适当的时机施展可為战斗加分的魔法招式，设法佔领战场上的致胜法宝──「魔晶石」。

在战场上，属性间的生剋关系往往是胜负的关键

唯有配合地、水、火、天四种属性的相生相剋关系来拟定战术，才能克敌致胜抢得战场先机。

所有精灵共分為地、水、火、天等四种属性，彼此间有著相生相剋的关系

精灵可以跟著提升经验值与等级

随著等级的提升，精灵的能力也会跟著强化，有不少精灵是黑马型的战将，到越后期等级越高的时候。