《超级机器人大战J》是GBA上的最后一款机战，画面上有了很大的进步。剧情故事也非常有新异，整体上说更适合新上手的玩家。

宇宙时代

人类的生活圈超越了地球周边宙域并拓展到火星一带。可是包括地球环境恶化等，好几个人类从以前就存在的问题至今也没有被解决：根据遗传基因调整被生出的新人类“新人类（CO）”的出现；屡次发生的地壳变动的原因，是在深海处被发现并命名为“オルファン”的异星文明遗迹；还有对火星的殖民。

人们对新的时代还是充满了期待，不过，太急剧的变化产生出对这一切的适应者和拒绝反抗的人。因为那个能力而被赶走到宇宙的新人类们建设了殖民卫星“プラント”。但是在新人类自身的统治下，害怕被分离的自然人反对プラント的独立，严重加深了与新人类之间的对立。还有就是“オルファン”不知不觉称中被自称为“リクレマー”的人们进入，这个信息对大众加以了掩盖。

宇宙纪元69年

突然从木星方向飞来了谜般的无人兵器对火星展开了侵略。在火星圈的大规模会战中失败的联合军在许多人还留在火星的情况下，决定将军队撤离。而这些被称呼为“木星蜥蜴”的神秘侵略者向地球圈送去了无敌“郁金香”（推测可能是敌人的母舰），之后从那里面不断出现敌人的兵器，地球圈进入了和敌人持久作战的状态。

地球上的战斗也是屡次发生，趁着混乱时期为达到自己的目而开始活动的人也相继出现。在这中，提出独立自卫策略的プラント的行动被视作是对宗主国的叛乱，以大西洋联邦作为核心的地球联合各国以实力对新人类予以制裁的要求声高涨了。

宇宙纪元70年

现在，在与不明对方原形的木星蜥蜴的战乱以及プラント和地球联合高涨的紧张对立中，ネルガル重工独自建造的新型战列舰“ナデシコ”的完成，故事从这里开始了…