本作是单机角色扮演游戏《轩辕剑》系列的第五代作品，也是该系列第二款外传作品。本次剧情的时间设定在隋朝末年，故事背景庞大复杂，以赤贯星贯穿整个故事，它的出现将神州九天结界划开一个口子，这个现象就是“天之痕”。伴随着这一事件的是，南陈皇室遗孤陈靖仇踏上复国之路，并被卷入一场精心布置的大阴谋和明争暗斗中。本作是《轩辕剑》系列的经典之作，以催人泪下的剧情和出色的水墨画备受赞誉，做到了当时一个角色扮演游戏理应做到却也是最难做的高度，后于2011年被改编成电视剧《轩辕剑之天之痕》，于2012年播出。


1.东皇钟：天界之门
下落不明，力量不明。一般传闻它是天界之门，但据天山石窟中诸神时代残留之古老壁文记载：东皇钟乃十大神器力量之首，足以毁天灭地、吞噬诸天。轩辕剑伍《一剑凌云山海情》中转世为夏柔。
2.轩辕剑：最强力量
黄金色之千年古剑，传说是天界诸神赐予轩辕黄帝击败蚩尤之旷世神剑。其内蕴藏无穷之力，为斩妖除魔的神剑。其来历在游戏中还有一种说法（一代中为人类所铸之剑）。轩辕剑三外传：天之痕中为宇文拓所使用；轩辕剑伍与汉之云中，转世为皇甫朝云，皇甫暮云二兄弟（三代中化为轩辕剑仙，剑鞘化为轩辕剑童）。
3.盘古巨斧：穿梭太虚
传说天地混沌之初，盘古由睡梦醒来，见天地晦黯，遂拿一巨大之斧劈开天与地，自此才有我们之世界。此斧拥有分天开地、穿梭太虚之力，威力不下轩辕剑。天之痕中在天外村附近的巨木中，也就是古神盘古守护着。　曾被多代人物（例：古月圣）使用过。
4.炼妖壶：炼化万物
古称九黎壶，乃上古异宝之一。拥有不可思议之力，据说能造就一切万物，也有惊人之毁坏力量。内部有著奇异之空间，空间之大似能将天地收纳于内。炼妖壶是陈国的传国之宝，由陈靖仇持有。二，三代，汉之云中均有出现。三代、天之痕、汉之云中主角可使用之炼出宝物及怪物（轩辕剑3云与山的彼端中可以进入炼妖壶）。
5.昊天塔：吸星换月
原为天界重宝，拥有浩大无俦之力，据说能降一切妖魔邪道，必要时仙神也可以降服；但后因不明原因而下落不明，无人知晓其下落。苍之涛中有出现。轩辕剑伍中转世为陆承轩。
6.伏羲玉琴：操纵心灵
伏羲以玉石加天丝所制出之乐器，泛著温柔的白色光芒，其琴音能使人心感到宁静祥和，据说拥有能支配万物心灵之神秘力量。天之痕、苍之涛中有出现，在汉之云结局有提起横艾用它抹掉了世人对飞羽的记忆。天之痕中复活之阵天女白玉轮所需神器，然后宇文拓把独孤宁珂的灵魂放入其中净化。
7.神农鼎：熬炼仙药
古称造世鼎，上古时代神农氏为苍生遍尝百草，也为后世奠定医学基础。神农昔日炼制百药之古鼎，正因积聚千年来无数灵药之气，据说能炼出天界诸神亦无法轻得之旷世神药，并隐藏其他神秘之力量。天之痕中为拓跋玉儿部落神器。
8.崆峒龙印：不老泉源
崆峒海上不死龙族的护守神器，其上刻塑有五方天帝形貌，并有玉龙盘绕。自古相传得到它的人，就能拥有天下，也有人传说它能让人不老不死。自古许多方士纷纷出海找寻此印，但最后都只是踏上不归之路。天之痕中为仙山岛海底鲸鱼肚子里的然翁建立的不老结界的主要神器。
9.昆仑古镜：时光穿梭
仙人故乡昆仑山中的昆仑天宫中，传说有一面神镜，拥有自由穿梭时空之力。但在一次仙人之盛会中，神镜被人所偷，至今一直下落不明。天之痕中转世为宇文拓，伏魔山洞窟里是假的（伏魔山洞窟中的是伏魔古镜，用来封印饕餮，被陈靖仇师徒二人拿起导致饕餮出现）。
10.女娲灵石：复活再生
人类之母女娲，捏土造人、炼石补天，并帮人族收伏许多妖魔，自古为神州人民景仰。相传女娲曾为了救自己病故之爱女，将自己万年修为贯注于一颗昔日补天所余的五彩玉石上，自此该灵石就具有特别之力。天之痕中转世为于小雪。汉之云里有出现。
另：十神之器可以分开布成两种阵法“失却之阵”和“虚空之阵”。前者由“琴鼎印镜石”完成，依据不同的排列组合方式可以达到五种不同的效果。主要依据中心神器，但此阵却需要凡人提供动力驱动，而阵法驱动后凡人却会失去心中最挂念的事情（最大的代价）固有失却之阵的说法。另一个说是由剩余的五样，游戏中并未过多设计，应与失却之阵类似，其中以轩辕剑为中心便可上达天界。将伏羲琴和女娲石结合起来可运行天女白玉轮。